Для экспорта полей со множественным значением может потребоваться переопределить вывод поля через шаблон.

<?php 
$term_list = array();
$node = node_load($row->nid);
foreach ($node->taxonomy as $item) {
  if ($item->vid == 'vocabulary id') {
  $term_list[$item->tid] = $item->name;
  }
}
print implode(', ', $term_list);
 ?>